Obszary Natura 2000
Obszary chronionego krajobrazu
Rezerwaty przyrody
Pomniki przyrody
Na gruntach będących w zarządzie Nadleśnictwa Bydgoszcz znajduje się 41 pomników przyrody objętych ochroną konserwatorską
Użytki ekologiczne
Na terenie Nadleśnictwa istnieje 18 kompleksów użytków ekologicznych.
Większość z nich to bagna o charakterze torfowiskowym, wyłączone z użytkowania łąki, pastwiska i ugory.